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譜康醫學 | 單管檢測35人份PBMC——大隊列樣本編碼策略
聚光 發布時間：2024-08-09 聚光 來源：聚光科技公眾號 聚光 瀏覽量：7936



大隊列流式樣本編碼策略

在大隊列流式樣本研究中，為保證樣本間實驗操作的一致性，通常會先對每份樣本進行barcoding編碼，然后將所有樣本混合成1管，進行統一的后期抗體染色等實驗步驟。同批次對多個樣本進行處理，可節約抗體等試劑，節省操作時間和重復性操作成本，減少因人工操作和機器狀態帶來的單個樣本差異性，極大的提高實驗結果的可靠性和準確性。

本次實驗采用活細胞barcoding編碼方案，用Cd（111Cd、112Cd、116Cd）和Pt（194Pt、195Pt、196Pt、198Pt）標記的CD45作為編碼抗體試劑，從7種同位素中任選3種，以金屬組合編碼的方式標記不同細胞樣本，將樣本編碼上限拓展到了35人份。相比于市面上的20-plex Pd Barcoding編碼需要先對細胞進行固定破膜，使用活細胞barcoding編碼可以避免部分抗體在固定破膜后特異性不好、染色效果不佳的缺陷。

本實驗使用譜康醫學 MSFLO 質譜流式細胞儀分析檢測 35 人份混合編碼的外周血樣本免疫細胞。MSFLO 質譜流式細胞儀是先進的懸液單細胞蛋白檢測平臺，具備高靈敏、高通量、多靶標的單細胞蛋白組學檢測能力，以及溶液、單細胞、單顆粒等多種工作模式，其強大的算法可實現多種單細胞編碼方式的解碼功能。

此外，該編碼方式具備一定的可拓展性，以Cd（7種金屬同位素）和Pt （4種金屬同位素）標記的CD45為例，采用11選3方案，最多可進行165人份樣本同批次處理與單管上樣，為臨床大樣本隊列和高通量藥物篩選研究做準備。



應用方案
儀器配置
MSFLO 臺式質譜流式細胞儀

實驗設計
（1）Barcoding 設計


 （2）主要試劑


結果分析

通過算法對混合樣本進行解碼，可有效鑒別35種編碼方式對應的35個樣本文件，熱圖和tSNE也能進一步證實35個樣本之間區分明顯，分離效果優秀。

（1）文件解碼


（2）可視化分析

  • 35個樣本CD45 histogram

  • 35個樣本CD45 heatmap

  • 35個樣本tSNE分布

（3）對解碼后35個樣本進行CD4/CD8 T cells、B cells、Monocytes和NK cells分群圈門，各細胞亞群分群效果較好，亞群比例統計結果如下：


解碼后的35個樣本以CD4/CD8 T細胞為例的分群效果：


譜康醫學 MSFLO 質譜流式細胞儀致力于為生命科學領域提供強大的單細胞、多靶標檢測技術手段，滿足單細胞 40 色及以上檢測指標需求，且通道間基本無串擾、無需調節補償，背景信號低，工作模式豐富，為不同科學研究領域提供強有力的技術解決方案。

聚光科技生命科學板塊旗下杭州譜康醫學科技有限公司，成立于2020年，以流式細胞檢測技術為核心，提供專業化的硬件及配套試劑，同時為客戶開發開展定制化服務。公司堅持流式細胞儀產業化協同發展戰略，擁有高學歷流式設備專業研發團隊，標準化的GMP生產車間，豐富的實驗室建設經驗，成熟的實驗室管理體系，已經全面掌握流式核心的設備制造技術及設備集成的開發能力，旨在為客戶提供整套細胞解決方案。



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